Par la loi Université 2003, votée le 16 décembre 2003, l'Université se dote d'un nouveau fonctionnement plus démocratique et remplaçant celui issu de la loi Condorcet du 26 mars 2000. La loi Université 2006 du 10 janvier 2006 réforme certains cotés de ce fonctionnement.
Ce collège est composé des docteurs de l'Université de Nautia (selon le principe un homme une voix). Il élit le président de l'Université pour un an parmi les professeurs.
Ce collège n'a aucune autre fonction et ne peut etre réuni qu'en cas de vacances du poste de président.
Actuellement, ce collège est composé de : Pr Jean-Benoit Ardoin, Pr Cyril Dejonghe, Pr Matthieu Duclos, Pr Jean-Francois Lalande
Jean-Benoit Ardoin, doyen de l'ISEN, assure cette fonction officiellement depuis janvier 2003.
Le président de l'Université représente l'Université de Nautia auprès des instances nationales et supranationales. Il met à jour le site de l'Université, il préside le collège de l'Université.
Il contrôle les titres universitaires, et peut, avec l'accord du collège, les annuler.
Il peut enfin, avec l'accord du Collège, décerner à une personnalité le titre de "docteur in memorium".
Il est composé des doyens d'instituts universitaires.
Il décide des contrats passés entre l'Université de Nautia et les autres instances, ils régit les relations entre les instituts universitaires, il a pouvoir de création d'un tel institut et aussi pouvoir de dissolution.
Actuellement, ce collège est composé de : Pr Jean-Benoit Ardoin (2 votes, vote prédominant), Pr Cyril Dejonghe (2 votes) , Pr Matthieu Duclos, Pr Jean-François Lalande.
Les instituts universitaires composent l'Université de Nautia. Ils sont régis par un projet scientifique de recherche et d'enseignement proposé à la création de l'institut.
Chaque institut est dirigé par doyen désigné par les docteurs et les professeurs de l'institut parmi les professeurs.
Il existe actuellement cinq instituts universitaires:
Les professeurs d'un institut peuvent décerner le titre de licencié à toute personne ayant réalisé un travail dans le domaine couvert par l'institut. Ce titre ne peut être perdu.
Les professeurs d'un institut peuvent décerner le titre de docteur à toute personne ayant réalisé un travail important dans le domaine couvert par l'institut. Les docteurs doivent publier une étude par semestre. Ce titre peut être retiré par le collège de l'Université. Les docteurs désignent le doyen de leur institit et élisent le président de l'Université. Ils peuvent en outre publier sans contrainte des travaux dans leur institut.
Le doyen d'un institut peuvent décerner le titre de professeur à toute personne ayant réalisé un travail important et récurent dans le domaine couvert par l'institut. Les professeurs doivent publier une étude par trimestre. Ce titre peut être retiré par le collège de l'Université. Les professeurs peuvent être désignés doyens ou élus président de l'Université.
Docteur In Memoriam
Il s'agit d'un titre honorifique accordé par le président de l'Université, avec l'accord du collège de l'Université, à une personne ayant contribué honorablement au développement de l'Université de Nautia.
Doyens
Le doyen dirige son institut, nomme les professeurs avec l'accord du collège de l'Université. en outre, il siège au collège de l'Université.
Nautia 